In der MRT des Abdomens (Bauchraums) können prinzipiell alle Bauchorgane zeitgleich untersucht werden. Um die Stärken der MRT voll ausnutzen zu können, ist es allerdings notwendig, die Untersuchung einer speziellen klinischen Fragestellung anzupassen. Für die Untersuchung spezieller Bereiche des Bauches, wie z.B. des Magen-Darm-Traktes (MRT-Sellink) oder der Gallenwege, ist oftmals eine spezielle Vorbereitung notwendig.

Häufige Fragen betreffen Erkrankungen der Leber, der Gallenwege, der Bauchspeicheldrüse und der Nieren und Nebennieren. In MRT können neben gutartigen Erkrankungen (z.B. entzündliche Veränderungen, Steinerkrankungen, angeborene Fehlbildungen) auch Tumore dieser Organe erkannt werden.